Přínosy podpory pro migrační politiku nejsou jasné, ministerstvo vnitra konkrétní dopady nesleduje. Vyplývá to z prověrky Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ). Podle něj resort stanovil cíle jen obecně a bez ukazatelů, kterými by šlo doložit, co se zlepšilo. U prověřovaných projektů úřad zjistil řadu nedostatků, přičemž většinu z nich mělo odhalit ministerstvo už při hodnocení projektů a jejich výběru k podpoře, upozornili kontroloři. Ministerstvo v reakci uvedlo, že na vytvoření vhodného systému pro vyhodnocení efektivity podpory kontinuálně pracuje. Z prověrky podle něj vyplývá, že peníze na programy migrační politiky byly vynaložené zcela v souladu se zákonem.